یکی از ویژگی‌های خوب اسکوئیرل‌میل قابلیت بالای سفارشی‌سازی آن است. با توجه به تنظیمات می‌توانید رنگ‌بندی‌ها، زبان‌ها، پوشه‌ها و ترجیحات متعددی داشته باشید. تمام این تنظیمات بدون تاثیر بر روی کاربرهای دیگر قابل تغییر است. در بخش تنظیمات حداقل پنج بخش وجود دارد: اطلاعات شخصی، نمای ظاهری، تنظیم رنگ پیغام‌ها، پوشه‌ها و ترتیب فهرست. با توجه به چگونگی نصب اسکوئیرل‌میل ممکن است بخش‌های دیگری نیز در دسترس باشد.